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Migration du chemin de containers
Posté le: 15 novembre 2023 à 21:40 
Salut les fermiers,
J'ai une petite question sur la migration de containers et de leurs volumes d'un disque (un raid) à un autre.
Je pensais m'en sortir en corrigeant simplement les dossier et en faisant une copie des fichiers d'un disque à l'autre (avec le service docker stoppé) mais visiblement non.
Vous procédez comment vous ?
J'ai plusieurs container ou stack qui sont fichus différemment et j'ai l'impression que la plupart cassent.
Les dossiers Docker sont sur Disk1 et je veux le mettre sur Disk2 à savoir l’arborescence du dossier root ainsi que les volumes qui vont avec.
J'ai commencé par une modification du 'root path', ça semble fonctionner docker démarre et portainer se lance en étant sur Disk2. Les container dedans démarrent et ne renvoient majoritairement pas d'erreurs mais ils ne semblent pas en état de marche et ce que je laisse le chemin pointant vers disk1 ou que je le modifie pour Disk2. Et de même qu'ils soit via "Bind" ou via "volume".
En penchant sur le container Plex qui me renvoie un soucis de database je me suis dit que ça venait, au moins pour lui, des fichiers de db des volume '/config'.
Et en effet sans changer le root path et juste en modifiant le volume '/config' d'un container fonctionnel pour son équivalant copié ça pose problème.
En essayant par curiosité sur un reste d'une vieille instal Plex démarre sans erreur et reconstruit la database d’antan.
Donc je sèche un peu là, la copie ne fonctionnerait pas ?
J'ai fait un 'rsync -azv' assez classique.
J'ai une petite question sur la migration de containers et de leurs volumes d'un disque (un raid) à un autre.
Je pensais m'en sortir en corrigeant simplement les dossier et en faisant une copie des fichiers d'un disque à l'autre (avec le service docker stoppé) mais visiblement non.
Vous procédez comment vous ?
J'ai plusieurs container ou stack qui sont fichus différemment et j'ai l'impression que la plupart cassent.
Les dossiers Docker sont sur Disk1 et je veux le mettre sur Disk2 à savoir l’arborescence du dossier root ainsi que les volumes qui vont avec.
J'ai commencé par une modification du 'root path', ça semble fonctionner docker démarre et portainer se lance en étant sur Disk2. Les container dedans démarrent et ne renvoient majoritairement pas d'erreurs mais ils ne semblent pas en état de marche et ce que je laisse le chemin pointant vers disk1 ou que je le modifie pour Disk2. Et de même qu'ils soit via "Bind" ou via "volume".
En penchant sur le container Plex qui me renvoie un soucis de database je me suis dit que ça venait, au moins pour lui, des fichiers de db des volume '/config'.
Et en effet sans changer le root path et juste en modifiant le volume '/config' d'un container fonctionnel pour son équivalant copié ça pose problème.
En essayant par curiosité sur un reste d'une vieille instal Plex démarre sans erreur et reconstruit la database d’antan.
Donc je sèche un peu là, la copie ne fonctionnerait pas ?
J'ai fait un 'rsync -azv' assez classique.
Si j'avance, suivez-moiSi je meurs, vengez-moiSi je recule, tuez-moi
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Posté le: 15 novembre 2023 à 22:15
D'après ce truc https://stackoverflow.com/questions/63873956/change-mountpoint-of-docker-volume-to-a-custom-directory c'est bien ça il suffit de copier les fichiers et pointer vers le nouveau root.
Ton dossier /config c'est un host path ? Tu l'as bougé aussi ? Tu as mis à jour le volume dans ton container ?
Ton dossier /config c'est un host path ? Tu l'as bougé aussi ? Tu as mis à jour le volume dans ton container ?
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Posté le: 15 novembre 2023 à 22:49
Tu peux joindre les Dockerfile/compose utilisés pour la stack stp ?
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Posté le: 15 novembre 2023 à 23:58
Dans un premier temps je m'occupe de ceux que j'ai créé via l'interface Portainer au tout début avant de découvrir les fichiers compose.
Donc j'édite le volume dans l'interface qui correspond sur le host au stockage des /_data et dans le container au /config.
J'en ai d'autres créés avec un fichier compose et je testerais demain en éditant les volumes correctement avant de le déployer.
J'ai le choix entre des volumes dédiés ou un bind à la localisation voulue.
De base mon conteneur plex était sur un volume créé pour recevoir les /config de différents containers (peut être pas le meilleur choix).
En éditant le root path ça change correctement la localisation de ce volume en pointant sur le disk2.
Néanmoins les deux conteneurs utilisant ce volume ne fonctionnement pas une fois le root path changé et la nouvelle localisation pointée.
Pour essayer de trouver la source de l'erreur j'ai remis le root path et indiqué à la main la localisation du nouveau volume (et aussi essayer avec un bind à la bonne localisation) mais ça ne marche pas plus.
EDIT: Dans un premier temps j'avais fonctionné comme ton lien en fait gazerbuth.
Donc j'édite le volume dans l'interface qui correspond sur le host au stockage des /_data et dans le container au /config.
J'en ai d'autres créés avec un fichier compose et je testerais demain en éditant les volumes correctement avant de le déployer.
J'ai le choix entre des volumes dédiés ou un bind à la localisation voulue.
De base mon conteneur plex était sur un volume créé pour recevoir les /config de différents containers (peut être pas le meilleur choix).
En éditant le root path ça change correctement la localisation de ce volume en pointant sur le disk2.
Néanmoins les deux conteneurs utilisant ce volume ne fonctionnement pas une fois le root path changé et la nouvelle localisation pointée.
Pour essayer de trouver la source de l'erreur j'ai remis le root path et indiqué à la main la localisation du nouveau volume (et aussi essayer avec un bind à la bonne localisation) mais ça ne marche pas plus.
EDIT: Dans un premier temps j'avais fonctionné comme ton lien en fait gazerbuth.
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Posté le: 16 novembre 2023 à 00:21
@mini-pouce https://www.guguweb.com/2019/02/07/how-to-move-docker-data-directory-to-another-location-on-ubuntu/
sinon j'ai trouvé ca aussi: https://community.nethserver.org/t/docker-update-data-root/18925/3
sinon j'ai trouvé ca aussi: https://community.nethserver.org/t/docker-update-data-root/18925/3
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Posté le: 16 novembre 2023 à 11:37
C'est la procédure que j'ai réalisée, ça me paraissait assez simple.
L'étape que j'ai en plus c'est de bouger les volumes persistants en plus du dossier de config.
Je viens de remarquer en voulant migrer les stacks avec compose que mon nextcloud me renvoie des erreurs. Il n'a pas aimé l'aller retour entre les rooth path visiblement.
Le container de la DB est Ok mais visiblement c'est SWAG qui doit bloquer il n'a pas pu renouveler le certificat. :/
Ce qui est étrange car de mémoire il était valide (pas de mail) et j'y ai accédé il y a quelques jours j'en suis sûr.
Duck DNS ne me renvoie pas d'erreur lui.
Mon stack nextcloud moins mes infos perso :
EDIT: Suite à la remarque de fission, maj de la ligne nextcloud que j'ai simplifiée.
Dernière édition par mini-pouce le 16 novembre 2023 à 16:03; édité 1 fois
L'étape que j'ai en plus c'est de bouger les volumes persistants en plus du dossier de config.
Je viens de remarquer en voulant migrer les stacks avec compose que mon nextcloud me renvoie des erreurs. Il n'a pas aimé l'aller retour entre les rooth path visiblement.
| Citation: |
| Doctrine\DBAL\Exception: Failed to connect to the database: An exception occurred in the driver: SQLSTATE[HY000] [2002] Connection refused in /config/www/nextcloud/lib/private/DB/Connection.php:139 |
Le container de la DB est Ok mais visiblement c'est SWAG qui doit bloquer il n'a pas pu renouveler le certificat. :/
Ce qui est étrange car de mémoire il était valide (pas de mail) et j'y ai accédé il y a quelques jours j'en suis sûr.
Duck DNS ne me renvoie pas d'erreur lui.
Mon stack nextcloud moins mes infos perso :
| Citation: |
|
version: "2" services: nextcloud: image: ghcr.io/linuxserver/nextcloud container_name: nextcloud environment: - PUID=1000 - PGID=100 - TZ=Europe/Paris volumes: - /config - /srv/dev-disk-by-uuid-53503ffe-001d-4395-8d8e-a3670303c2ed/system/docker/volumes/portainer_data/_data/nextcloud/config:/config #A changer pour Disk2 - /srv/dev-disk-by-uuid-53503ffe-001d-4395-8d8e-a3670303c2ed/Media:/data #Pareil depends_on: - mariadb restart: unless-stopped mariadb: image: ghcr.io/linuxserver/mariadb container_name: nextclouddb environment: - PUID=1000 - PGID=100 - MYSQL_ROOT_PASSWORD=... #pass - TZ=Europe/Paris volumes: - /srv/dev-disk-by-uuid-53503ffe-001d-4395-8d8e-a3670303c2ed/system/docker/volumes/portainer_data/_data/nextclouddb:/config #Disk2 restart: unless-stopped swag: image: linuxserver/swag container_name: swag cap_add: - NET_ADMIN environment: - PUID=1000 - PGID=100 - TZ=Europe/Paris - URL=.duckdns.org #Domaine - SUBDOMAINS=www, - VALIDATION=http - EMAIL=. # Email volumes: - /srv/dev-disk-by-uuid-53503ffe-001d-4395-8d8e-a3670303c2ed/system/docker/volumes/portainer_data/_data/swag:/config #Disk2 ports: - 10443:443 - 1080:80 restart: unless-stopped |
EDIT: Suite à la remarque de fission, maj de la ligne nextcloud que j'ai simplifiée.
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Dernière édition par mini-pouce le 16 novembre 2023 à 16:03; édité 1 fois
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Posté le: 16 novembre 2023 à 15:16
Le sql est compris dans le container qui fonctionne bien en temps normal.
Le chemin est un lien entre le chemin physique et le chemin dans le container.
Ça mène à un dossier dans média sur ma machine, tu as bien vu, je l'ai supprimé avec mes infos par réflexe mais ce n'était pas nécessaire. Ça fait média/mondossier:/dossier/container comme le veut la structure du fichier yalm.
Le chemin est un lien entre le chemin physique et le chemin dans le container.
Ça mène à un dossier dans média sur ma machine, tu as bien vu, je l'ai supprimé avec mes infos par réflexe mais ce n'était pas nécessaire. Ça fait média/mondossier:/dossier/container comme le veut la structure du fichier yalm.
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Posté le: 16 novembre 2023 à 18:18
Ce path me donne l'impression qu'il ne devrait pas être présent dans un compose :
/srv/dev-disk-by-uuid-53503ffe-001d-4395-8d8e-a3670303c2ed/system/docker/volumes/portainer_data/_data/nextclouddb
J'ai comme l'impression que tu as demandé à portainer de créer un volume, puis ensuite de le monter dans le compose sur un chemin dans le container.
Un volume, soit tu le définis en
- /var/chemin/sur/le/host:/var/chemin/dans/le/container
sans aucune autre action
Soit tu demande à docker/portainer de créer un volume nommé (persistent, mais pas sensé être synchronisé avec un répertoire existant), et tu le monte en mettant dans le compose uniquement
- nom_du_volume:/var/chemin/dans/le/container
Edit : Tes chemins sur le disk 2, ce sont des volumes aussi créés par portainer ou c'est toi qui les a fait à la main ?
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/srv/dev-disk-by-uuid-53503ffe-001d-4395-8d8e-a3670303c2ed/system/docker/volumes/portainer_data/_data/nextclouddb
J'ai comme l'impression que tu as demandé à portainer de créer un volume, puis ensuite de le monter dans le compose sur un chemin dans le container.
Un volume, soit tu le définis en
- /var/chemin/sur/le/host:/var/chemin/dans/le/container
sans aucune autre action
Soit tu demande à docker/portainer de créer un volume nommé (persistent, mais pas sensé être synchronisé avec un répertoire existant), et tu le monte en mettant dans le compose uniquement
- nom_du_volume:/var/chemin/dans/le/container
Edit : Tes chemins sur le disk 2, ce sont des volumes aussi créés par portainer ou c'est toi qui les a fait à la main ?
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Posté le: 16 novembre 2023 à 20:14
Effectivement j'ai peut être fait une bêtise à l'époque en sortant de l'usage conseillé ?
Ma volonté était de réunir les données persistantes des containers dans un même dossier.
J'ai créé l'arborescence de portainer_data pour sur, le _/.data après là je ne sais pas peut être que j'ai voulu me caler sur l'arborescence type des contrainers.
N'hésites pas à me dire qu'elle est le recommandation et l'usage pour les prochaines fois, je dois me former plus proprement à docker que j'utilise pour le moment de façon un peu barbare.
Si je comprends bien dans ton compose tu donnes juste un nom mais pas le chemin et du coup il gère automatiquement sa création en partant du root path j'imagine ?
Ma compréhension ici c'est que je liais le dossier du container à mon dossier sur ma machine physique (un bind) donc j'ai mis l'arborescence. Je n'ai pas eu l'idée de créer un volume car j'ai appris leur existence plus tard. D'ailleurs tu conseilles quoi toi ?
Pour plex j'ai utilisé un volume et l'interface portainer, la seule raison étant que ça reste un terrain d'apprentissage et donc que je voulais tester ces fonctions. ^^
Pour autant ça fait plus d'un an que ça tourne sans aucun problème.
Quand au Disk2 il s'agit d'une copie de Disk1 qui est en fait un RAID5.
Au cas où j'ai ré-essayé la copie arec un "cp -av" mais ça n'a rien changé donc ça ne doit pas être un soucis de copie ou de permission.
Ma volonté était de réunir les données persistantes des containers dans un même dossier.
J'ai créé l'arborescence de portainer_data pour sur, le _/.data après là je ne sais pas peut être que j'ai voulu me caler sur l'arborescence type des contrainers.
N'hésites pas à me dire qu'elle est le recommandation et l'usage pour les prochaines fois, je dois me former plus proprement à docker que j'utilise pour le moment de façon un peu barbare.
Si je comprends bien dans ton compose tu donnes juste un nom mais pas le chemin et du coup il gère automatiquement sa création en partant du root path j'imagine ?
Ma compréhension ici c'est que je liais le dossier du container à mon dossier sur ma machine physique (un bind) donc j'ai mis l'arborescence. Je n'ai pas eu l'idée de créer un volume car j'ai appris leur existence plus tard. D'ailleurs tu conseilles quoi toi ?
Pour plex j'ai utilisé un volume et l'interface portainer, la seule raison étant que ça reste un terrain d'apprentissage et donc que je voulais tester ces fonctions. ^^
Pour autant ça fait plus d'un an que ça tourne sans aucun problème.
Quand au Disk2 il s'agit d'une copie de Disk1 qui est en fait un RAID5.
Au cas où j'ai ré-essayé la copie arec un "cp -av" mais ça n'a rien changé donc ça ne doit pas être un soucis de copie ou de permission.
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Posté le: 16 novembre 2023 à 21:02
Yes, tu peux créer un volume sans préciser de path, et Docker s'en servira pour garder les infos entre plusieurs redémarrages de container, mais aussi pour partager les données entre les containers en précisant le même volume.
En précisant un path, tu maitrises là où seront les données, et ça peut être en dehors de l'arbo gérée par Docker.
Edit : Ah mais portainer_data c'est déja un chemin monté pour les données de portainer, donc tu montes dans des containers un chemin qui se retrouve lui même dans le système fichier d'un autre container.
Le but de docker c'est compartimenté chaque applicatif.
Portainer n'a absolument aucun intérêt à accéder aux data de tes autres containers, et vice-versa, donc les chemins doivent être isolés, et si tu veux partager des datas, entre deux containers, tu leur précise un chemin unique dédié à ce partage
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En précisant un path, tu maitrises là où seront les données, et ça peut être en dehors de l'arbo gérée par Docker.
Edit : Ah mais portainer_data c'est déja un chemin monté pour les données de portainer, donc tu montes dans des containers un chemin qui se retrouve lui même dans le système fichier d'un autre container.
Le but de docker c'est compartimenté chaque applicatif.
Portainer n'a absolument aucun intérêt à accéder aux data de tes autres containers, et vice-versa, donc les chemins doivent être isolés, et si tu veux partager des datas, entre deux containers, tu leur précise un chemin unique dédié à ce partage
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Posté le: 16 novembre 2023 à 22:21
Pour la première partie, c'est bien ce que je comprenais.
Pour ton Édit, effectivement c'est un truc bizarre que j'avais fait par praticité en découvrant l'outil.
Avec le recul et ton commentaire, c'est vrai que ce n'est pas la bonne façon de procéder et je te remercie de me le faire remarquer, j'avais un peu oublié tout ça depuis.
Neanmoins je ne pense pas que ça soit le problème ici non ? Même si c'est bête, les containers ont leur dossiers et ne semblent pas interférer depuis le temps.
Pour ton Édit, effectivement c'est un truc bizarre que j'avais fait par praticité en découvrant l'outil.
Avec le recul et ton commentaire, c'est vrai que ce n'est pas la bonne façon de procéder et je te remercie de me le faire remarquer, j'avais un peu oublié tout ça depuis.
Neanmoins je ne pense pas que ça soit le problème ici non ? Même si c'est bête, les containers ont leur dossiers et ne semblent pas interférer depuis le temps.
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Posté le: 22 novembre 2023 à 13:57
Petite maj je pense avoir résolu mon problème grâce aux commandes pour copier les container, et je vais en profiter pour restructurer mes dossiers.
Bien sûr je laisserais la solution en détail lorsque j'aurais confirmé la réussite sur plusieurs conteneurs.
@Taloken ou d'autres, basé sur votre expérience vous préférer dédier des volumes ou faire des bind mount ?
Et est-ce que vous suivez une structures particulières pour les dossiers ?
Je pensais créer un dossier /AppData à la racine de mon disque et monter les volumes dedans.
En créant au préalable un dossier par container pour mieux classer les choses, sinon on revient à moitié dans mon cas de figure (les fichiers docker/portainer en moins).
EDIT: Je suis coupé dans mon avancée portainer ne veut plus déployer les container (Err 500). ><
EDIT2: Nan c'est moi qui fatigue je n'avais pas stoppé l'ancien donc conflit de port évidant...
Ça semble bien marcher !
Bien sûr je laisserais la solution en détail lorsque j'aurais confirmé la réussite sur plusieurs conteneurs.
@Taloken ou d'autres, basé sur votre expérience vous préférer dédier des volumes ou faire des bind mount ?
Et est-ce que vous suivez une structures particulières pour les dossiers ?
Je pensais créer un dossier /AppData à la racine de mon disque et monter les volumes dedans.
En créant au préalable un dossier par container pour mieux classer les choses, sinon on revient à moitié dans mon cas de figure (les fichiers docker/portainer en moins).
EDIT: Je suis coupé dans mon avancée portainer ne veut plus déployer les container (Err 500). ><
EDIT2: Nan c'est moi qui fatigue je n'avais pas stoppé l'ancien donc conflit de port évidant...
Ça semble bien marcher !
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Posté le: 23 novembre 2023 à 10:44
Désolé du triple poste, mais ça garde de la lisibilité voici la méthodologie pour faire le backup des volumes de nos containers.
Il s'agit d'utiliser un container minimal et temporaire en y attachant le volume du container à backup, les fichiers sont copiés et écrit sur notre disque.
Dans le cas de mon container plex :
nom du container : Plex
nom de l'archive : backup/plex_m_backup.tar
A noter que le chemin du backup devrait simplement être "/config" mais dans mon cas, sans doute à cause de ma mauvaise installation, je siphonnais tous les dossiers dockers, j'ai donc préciser d'avantage le chemin pour être sûr de ne récupérer que les fichiers plex (en ratissant assez large).
Ensuite je recréer le container en changeant la racine vers un nouveau bind mount qui va pointer sur du vide, Plex va donc redémarrer la configuration à zéro.
De là on procède de la même façon en copiant dans le container nos précédents fichiers.
Donc ça marche plutôt bien et ce n'est pas très compliqué, la commande est simple et documentée au besoin.
Pour automatiser le backup on doit pouvoir faire (pas testé à voir si les variables passent) :
Une question demeure entière, pourquoi la copie des fichiers sur l'hôte n'a pas suffit ?
Et pourquoi le changement de racine (puis retour en arrière) a mis en pls la stack nextcloud+db ?
Me reste à reprendre de zéro la partie nextcloud qui n'a pas survécu, à moins que vous aillez des pistes ?
EDIT: J'ajoute les étapes de suppression d'un raid sous OMV tant que j'y suis si jamais quelqu'un préfère être certain de la procédure :
- supprimer les mentions de vos disques dans vos VM et dockers (ça peut vraiment le péter),
- supprimer les dossiers partagés et les autres partages réseau,
- supprimer les scripts/jobs et autres tâches prévues sur le disques,
- supprimer le système de fichier,
- supprimer le RAID,
Bonus: formatez vos disques.
Au passage j'avais quelques erreurs car je m'étais emballé en supprimant le RAID avant le Système de fichier avec une erreur de type :
Pour régler cela pas de panique : faites un reboot, le RAID réapparait normalement (en intégrité et non dégradé), vous supprimer le FS puis vous supprimer le RAID, et c'est bon tout roule.
Il s'agit d'utiliser un container minimal et temporaire en y attachant le volume du container à backup, les fichiers sont copiés et écrit sur notre disque.
Dans le cas de mon container plex :
nom du container : Plex
nom de l'archive : backup/plex_m_backup.tar
| Code: |
| docker run --rm --volumes-from Plex -v $(pwd):/backup ubuntu tar cvf backup/plex_m_backup.tar /config/Library/Application\ Support/Plex\ Media\ Server/ |
A noter que le chemin du backup devrait simplement être "/config" mais dans mon cas, sans doute à cause de ma mauvaise installation, je siphonnais tous les dossiers dockers, j'ai donc préciser d'avantage le chemin pour être sûr de ne récupérer que les fichiers plex (en ratissant assez large).
Ensuite je recréer le container en changeant la racine vers un nouveau bind mount qui va pointer sur du vide, Plex va donc redémarrer la configuration à zéro.
De là on procède de la même façon en copiant dans le container nos précédents fichiers.
| Code: |
| docker run --rm --volumes-from Plex -v $(pwd):/backup ubuntu bash -c "cd /config && tar xvf /backup/plex_m_backup.tar --strip 1"
|
Donc ça marche plutôt bien et ce n'est pas très compliqué, la commande est simple et documentée au besoin.
Pour automatiser le backup on doit pouvoir faire (pas testé à voir si les variables passent) :
| Code: |
| for name in $(docker ps --format '{{.Names}}'); do docker run --rm --volumes-from $name $(pwd):/backup ubuntu bash -c "cd /config && tar xvf /backup/$name_backup.tar --strip 1" |
Une question demeure entière, pourquoi la copie des fichiers sur l'hôte n'a pas suffit ?
Et pourquoi le changement de racine (puis retour en arrière) a mis en pls la stack nextcloud+db ?
Me reste à reprendre de zéro la partie nextcloud qui n'a pas survécu, à moins que vous aillez des pistes ?
EDIT: J'ajoute les étapes de suppression d'un raid sous OMV tant que j'y suis si jamais quelqu'un préfère être certain de la procédure :
- supprimer les mentions de vos disques dans vos VM et dockers (ça peut vraiment le péter),
- supprimer les dossiers partagés et les autres partages réseau,
- supprimer les scripts/jobs et autres tâches prévues sur le disques,
- supprimer le système de fichier,
- supprimer le RAID,
Bonus: formatez vos disques.
Au passage j'avais quelques erreurs car je m'étais emballé en supprimant le RAID avant le Système de fichier avec une erreur de type :
| Citation: |
| Failed to execute command 'export PATH=/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin; export LANG=C.UTF-8; omv-rmraid '/dev/md127' 2>&1' with exit code '1': mdadm: Cannot get exclusive access to /dev/md127:Perhaps a running process, mounted filesystem or active volume group? |
Pour régler cela pas de panique : faites un reboot, le RAID réapparait normalement (en intégrité et non dégradé), vous supprimer le FS puis vous supprimer le RAID, et c'est bon tout roule.
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